Sim devia, o problema é que o Windows Media Player ás vezes não identifica o 16:9 anamórfico, que é o mesmo que tu chamas-te "4:3 deformado".

Por experiência própria o WMP deveria conseguir adaptar automaticamente o aspecto da imagem, mas não está a acontecer!? . Se fosse a ti descartava o WMP e instalava um dos melhores players que conheço, lê praticamente tudo!! É de um sul coreano!!

KMPlayer

Não tens de te preocupar, desde que o programa de edição identifique os ficheiros como sendo PAL 16:9 e fizeres um projecto com essas definições e no final renderes também em PAL 16:9 não haverá problema. Quando colocares o DVD num Televisor 16:9 a imagem é reproduzida correctamente.