Caro João Pires,
Concerteza que o problema passa por uma questão de desempenho.
Avi é muit(íssim)o mais pesado para uma maquina e software correr do que wmv, ou jpg´s.
Ora o Moviemaker, tadito... faz o que pode... mas polo a tocar avi´s, em minha opinião é comparavel a "trabalho infantil",

borra-se todo!
Acrescendo a isso que o sistema que fala corre em win vista, e para além do próprio movie maker ter muito pouco fluidez para trabalhar vídeo, acaba por perder boa parte dos recursos da maquina só para sustentar o vista carregado.
Resumindo, e em minha opinião, é bom que quem lida com o movie maker tenha noção ou seja sensibilizado ao que o programa se destina, que são aplicações caseiras e em filosofia de vídeo comprimido (wmv´s e afins) e que apesar de admitir avi, esse formato é areia a mais para a sua (do movie maker) camioneta.
Isto não significa que não se possa eventualmente corrigir o problema que menciona com os avi´s, apenas reforço que será um processo "contra-natura" .
Cumptos,
P.C.