Já agora, o melhor programa que conheço para fazer conversões é gratuito e apesar de ter um interface esquisito, é facílimo de usar e é SUPER

O único que conheço que converte entre AVI (montes de Codecs), Quicktime (mais um monte), MPEG e FLV/SWF, fora tudo o resto.
Podes também limitar o tamanho de output, por isso é uma questão de ires experimentando até conseguires obter o ratio qualidade/tamanho que melhor te convém.
Só um pequeno resumo:
Supported input source file formats are:
- Video format: 3gp/3g2(Nokia,Siemens,Sony,Ericsson) asf, avi (DivX,H263,H263+,H264,XviD,MPEG4,MSmpeg4 etc..), dat, fli, flc, flv (used in Flash), mkv, mpg (Mpeg I,Mpeg II), mov(H263,H263+,H264,MPEG4 etc..), mp4(H263,H263+,H264,MPEG4), ogg, qt, rm, ram, rmvb, str (Play Station), swf (Flash), ts (HDTV), viv, vob, wmv
- Audio format: aac, ac3, amr, mmf, mp2, mp3, mp4, mpc, ogg, ra, wav, wma
- AviSynth Script Files: avs. Let you specify advanced encoding commands using AviSynth scripts!
Encontra-se aqui:
http://www.erightsoft.com/SUPER.html